Depuis le 1er juillet 2001 la SNCM est sous l’égide du groupe MLS, agent des bâtiments de la US Navy et de la Canadian Navy pour les ports et rades de sud France.

Sa mission consiste à assurer l’ensemble des demandes logistiques requises par les navires pendant leurs escales.
A ce titre, elle est chargée de mettre en place l’accueil de tous les bâtiments en étroite collaboration avec les autorités militaires, les ambassades et consulats, les collectivités locales ainsi et surtout que de coordonner les actions des divers prestataires qu’elle a choisi pour assurer l’ensemble du support logistique.

La SNCM a également été missionnée pour porter assistance aux avions et hélicoptères de la marine américaine lors de leurs escales à la base aéronavale de Hyères.

A compter de 2009, la Royal Navy, marine royale britannique, fera partie des clients de la SNCM.